AYM, Altan ve Alpay'ın tutukluluklarına ilişkin yaptıkları bireysel başvurulara ilişkin "kişi hürriyeti ve güvenliği hakkı" ve "ifade ve basın özgürlüğü hakları"nın ihlal edildiği kararını vermişti. Altan ve Alpay'ın durumuna ilişkin ihlal hararları oy çokluğu ile alınmıştı. Resmi Gazete'de yayımlanan gerekçeli kararda, yazı ve konuşmaların tutuklanmaya delil olmasının basın özgürlüğüne yönelik caydırıcı bir etki yapacağı ifade edildi. Altan ve Alpay'ın suç işlendiğine dair kuvvetli belirtinin yeterince ortaya konulmadığı belirten kararda, somut oldu ortaya konulmadan yapılan tutuklanmaların ifade ve basın özgürlüklerine yönelik caydırıcı bir etki oluşturabileceği kaydedildi.
AYM'nin Alpay'a ilişkin gerekçeli kararında, Alpay'ın tutuklanmasına sebep olan bazı yazılara yer verildi. İfade ve basın özgürlüklerinin ihlal edildiği yönündeki iddialara ilişkin verdiği kararda, "Başvurucunun Anayasa'nın 26. ve 28. maddelerinde bağlamında ifade ve basın özgürlüklerinin ihlal edildiğine karar verilmesi gerekir" denildi.
